La Direcció general de Medi ambient de la Comissió Europea alerta que la canalització dels recs del Baix Ter pot posar en perill els ecosistemes de la zona i, de manera especial, els aiguamolls del Baix Empordà. El comissari europeu ha informat d´aquests temors el grup ecologista Gent del Ter, que li va adreçar una carta per demanar a la Unió Europea que intercedeixi per aturar aquest projecte de canalització.
En la seva resposta a Gent del Ter, el comissariat europeu deixa clar que les obres per millorar i consolidar els regadius -que s´han projectat amb l´objectiu d´estalviar aigua-, no han de perjudicar espais com els aiguamolls empordanesos, que la Unió Europea ha qualificat de Llocs d´Importància Comunitària. Per garantir la protecció d´aquests paratges, una directiva europea sobre la conservació dels hàbitats naturals, la fauna i la flora silvestre estableix que s´han d´avaluar les possibles repercussions de qualsevol projecte que afecti espais com els aiguamolls del Baix Empordà. El comissari europeu de Medi Ambient afirma que «les autoritats nacionals competents només es declararan d´acord amb aquest pla o projecte després d´haver-se assegurat que no perjudicarà la integritat del lloc en qüestió».

La canalització dels recs del Baix Ter -bàsicament el rec del Molí- està pendent d´un estudi d´impacte ambiental, l´informe que hauria d´analitzar la incidència de la canalització en l´espai classificat com a Lloc d´Importància Comunitària. La Comissió Europea tanca la seva carta demanant a Gent del Ter que l´informi si l´estudi d´impacte ambiental no compleix els requisits que exigeix la directiva d´hàbitats i assegura que, en aquest cas, intervindrà per prendre les mesures necessàries.

L´autoritat europea va respondre la petició de Gent del Ter el 31 d´agost, gairebé dos mesos després de rebre l´escrit dels ecologistes. En la introducció de la seva resposta, la Comissió Europea explica que li consta que a l´Estat espanyol s´estan projectant obres per estalviar aigua mitjançant la millora dels regadius, però també diu que ignora si les canalitzacions previstes al Baix Ter s´emmarquen en aquest tipus de polítiques. Després de rebre aquest escrit de la Comissió Europea, Gent del Ter ha decidit insistir i tornar-se a adreçar a la ministra de Medi Ambient, Cristina Narbona -que encara no els ha contestat-, i als directors territorials d´Agricultura, Ramaderia i Pesca i Medi Ambient de la Generalitat a Girona.